按照我国MAH制度的要求，上市许可人是药品质量全面负责人，为了防止和规避受托企业生产质量管理漏洞带来的安全隐患，上市许可人有权也必须对受托企业生产质量进行监督管理。但是由于上市许可人主体监管能力和经验的局限性，其很难行使质量管理权力。
首先，研发机构和科研人员为主的MAH生产监管能力匮乏。该类型持有人管理能力较弱，擅长于药品研发却在成果商业化中处于劣势。与以往只能转让科技成果模式不同，作为新型持有人，要对药品全生命周期负责，生产、储存、运输和销售等环节都需要自己把关。委托生产环节的管理能力令人担忧，无论是前期委托企业的选择评估还是后期生产过程的监控，都缺乏相关的人员技术支持。由于不具备生产管理经验，对生产企业产能、质量管理水平难以清晰认识，派出的监督人员也不了解相关专业知识或未接受相关培训，对影响质量的因素不能深刻认识。
其次，生产企业类MAH有效行使生产质量监管也存在困难。生产类型持有人虽然在人员等方面有一定基础，但是委托生产的经验也较少。主要原因是试点后的委托生产较之前主体资格放宽，委托条件放松，许多以前不具备委托生产条件的企业现在可以选择委托方式生产。可是生产企业类型持有人在生产变更、协调沟通、技术交流和责任义务约定方面不具备相关经验。而且目前药企专业化分工仍在探索中，稳定的合作关系也需要一定时间磨合。
因此研发机构与科研类型的持有人缺乏相关的人才有效监督生产过程，生产企业类型持有人缺乏委托生产的经验，这些都导致持有人对产品质量无法有效监控。从利益相关者角度来看，政府和持有人都有保障药品质量安全的义务，不同之处在于药监机构作为政府部门，保障药品质量、维护公众健康安全是其存在的意义和目的。而持有人则是出于规避法律风险的考虑，如果持有人委托生产的产品出现重大安全事故，那么持有人作为责任人也会受到处罚。因此上市许可持有人对受托企业的监管较为被动，缺乏主动行使质量监督权力意愿和能力。MAH主体除了需要招募合格的监督人员，还要面临国内关于质量协议的指导性文件尚未出台、寻找合适的受托方等不确定因素。在药品上市后收益还不确定的情况下，持有人却需要先付出成本建立有效的监管体系。对于MAH主体而言，最佳策略就是为快速获得上市后收益，采取一切从简的监管方式，相关成本能省则省。至于法律风险则可以将重点转到符合法律文件规范，应付药监部门检查方面。这种利益追求具有短视性、侥幸性，最终后果是使得委托生产处于无监督或弱监督状态。
